Prédire le risque d’infection chez le nouveau-né grâce au microbiote vaginal

Presse, Recherche

Sous la coordination du Pr Laurent Mandelbrot (Université Paris Cité), chef du service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital Louis-Mourier AP-HP, des équipes de l’AP-HP, de l’Université Paris Cité, de l’Université Sorbonne Paris Nord, de l’Inserm, de l’Institut Pasteur et de la FHU Prem’Impact, ont mené une étude pour mieux anticiper le risque d’infection chez les nouveau-nés. En analysant les bactéries présentes dans un prélèvement vaginal réalisé au moment de l’accouchement, l’équipe montre que certaines signatures microbiennes sont associées à ce risque d’infection néonatale. Les résultats ont été publiés le 18 décembre 2025 dans la revue American Journal of Obstetrics and Gynecology.

 

 

L’infection néonatale bactérienne précoce demeure une cause majeure de morbidité et de mortalité, en particulier chez les nouveau-nés prématurés. Elle résulte le plus souvent d’une infection ascendante à partir du tractus génital maternel. Identifier plus précisément les situations à risque reste un enjeu clinique majeur afin d’adapter la prise en charge maternelle et néonatale, tout en limitant le recours excessif aux antibiotiques.

Les outils diagnostiques actuellement disponibles, reposent principalement sur le dépistage du streptocoque du groupe B réalisé à l’approche du terme. Si cette approche a permis de réduire certaines infections, elle ne prend pas en compte la complexité du microbiote vaginal et ne permet pas d’évaluer le risque infectieux global. Cette limite conduit à une utilisation large et probabiliste des antibiotiques, avec un impact sur les résistances bactériennes et le microbiote néonatal.

Dans cette étude prospective multicentrique, promue par l’AP-HP, des chercheurs montrent qu’il est possible d’identifier, à partir d’un prélèvement vaginal réalisé lors de l’accouchement, les signatures microbiennes associées au risque d’infection néonatale.

L’étude repose sur une cohorte prospective de plus de 2 500 femmes prises en charge dans trois maternités d’Île-de-France (Port-Royal, Louis-Mourier et Bichat AP-HP) représentant 560 cas de rupture prématurée des membranes avant 37 semaines d’aménorrhée (646 nouveau-nés du fait des jumeaux). Les prélèvements vaginaux ont été analysés à l’aide de deux approches complémentaires :

  • Une approche de bactériologie conventionnelle, incluant l’identification bactérienne par culture, des tests moléculaires ciblés (PCR) et la caractérisation des profils de résistance aux antibiotiques ;
  • Une approche métagénomique, permettant une caractérisation globale et non ciblée des communautés bactériennes vaginales.

Cette approche intégrée a permis de montrer que le risque d’infection néonatale précoce est associé à des déséquilibres globaux du microbiote vaginal plutôt qu’à la présence d’un seul agent infectieux. Les situations à risque étaient caractérisées par une diminution de la dominance des lactobacilles, une augmentation de la diversité bactérienne, et la présence accrue de bactéries potentiellement pathogènes, au premier rang desquelles Escherichia coli, fréquemment retrouvée à la fois chez la mère et chez le nouveau-né.

En combinant l’analyse de la composition du microbiote vaginal et la détection de bactéries d’intérêt clinique, l’approche métagénomique a ainsi permis une meilleure stratification du risque infectieux que les méthodes bactériologiques usuelles, ouvrant la voie à une évaluation plus ciblée du risque en contexte de rupture prématurée des membranes.

Ces résultats ouvrent la perspective du développement d’un test moléculaire rapide, non invasif et multiplex, reposant sur des technologies innovantes actuellement en cours de développement. Un tel test permettrait d’améliorer la stratification du risque infectieux périnatal et de favoriser une utilisation plus ciblée et raisonnée des antibiotiques. Ils ouvrent la voie à une approche diagnostique personnalisée, intégrant les données cliniques et les signatures microbiennes.

Ces résultats sont issus d’un consortium constitué dans le cadre de la FHU Prem’Impact et du projet InSPIRe (Innovative Strategies for Perinatal Infectious Risk Reduction). Ce projet, dédié aux stratégies innovantes pour la réduction du risque infectieux périnatal, est porté par l’AP-HP, l’Inserm, l’Institut Pasteur et la société BforCure, et soutenu par Bpifrance.

Référence

Predicting neonatal infection in preterm premature rupture of membranes with vaginal microbiology and metagenomics: a prospective cohort study
Laurent Mandelbrot, Sean Kennedy, Jessica Rousseau, François Goffinet, Luce Landraud, Céline Plainvert, Valérie Marcou, Luc Desfrère, Tiphaine Barral, Lahçene Allal, Agnès Baud, Nathalie Grall, Claire Poyart, Pierre-Yves Ancel et Asmaa Tazi.
American Journal of Obstetrics and Gynecology, 2025 | DOI : 10.1016/j.ajog.2025.12.042 

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